Klub ini didirikan pada tahun 1991 dan telah bermain di Liga Rusia sejak tahun 1992. Pada tahun 1992, Anzhi masuk divisi II dan mereka promosi pada tahun 1996 dibawah asuhan pelatih Eduard Malofeev. Pada tahun 2001, mereka lolos ke babak final Piala Rusia, namun kalah dari Lokomotiv Moskow melalui Adu Penalti.
Pada 18 Januari 2011, klub tersebut dibeli oleh milyuner Sulaiman Kerimov dan disahkan oleh Presiden Republik Dagestan Magomedov Magomedsalam. Kerimov membeli 100% saham klub tersebut termasuk 50% saham dari mantan pemilik klub sebelumnya Igor Yakovlev.
Kerimov berinvestasi 200 juta dollar US ke Anzhi untuk membangun stadio baru yang berkapasitas 40.000 penonton sesuai dengan persyaratan UEFA.
Pada bursa transfer tahun ini, Anzhi menjadi buah bibir karena ingin membeli sejumnlah bintang top dunia. Hal itu dibuktikan dengan mengontrak mantan bek Brasil Roberto Carlo pada tanggal 16 Februari 2011. Tanggal 27 Februari, Jucilei menandatangani kontrak bersama Anzhi dan pada 10 Maret mereka berhasil menggaet pemain asal Maroko Mbark Boussoufa.
Hari Selasa, mereka kembali membuat sensai dengan merekrut striker Inter Milan Samuel Eto'o dengan banderol 27 juta dollar US dan memberikan gaji sebesar 20 juta dollar US per musim. Selain itu, Anzhi juga telah berhasil memboyong mantan geladang Chelsea Yuri Zhirkov.
Prestasi klub yang bermarkas di Dinamo Stadium ini juga tidak terlalu bagus, musim lalu Anzhi hanya duduk diperingkat 11 klasemen Liga Rusia. Sementara itu, prestasi Anzhi di Eropa juga terbilang masih minim karena hanya sekali bertanding melawan Glasgow Rangers di babak kualifikasi Piala Uefa 2001-2002.
Kini, Anzhi sedang melakukan reformasi besar-besaran untuk menjadi klub terbaik di Rusia maupun Eropa seiring kedatangan para pemain top dunia.
(berbagai sumber)